Le coronavirus sort-il d’un laboratoire ?

https://youtu.be/cziuxZePCRkus sort-il d’un laboratoire ?


iBharat108

1 week ago

Bonjour,

Bravo pour la video, l’iconographie et les efforts d’explication. Par contre, il y a plusieurs choses qui me chagrinent. Prenons en 2. 1 Vous présentez la séquence nucléotidique à 6 résidus « GDSSSG » comme commune avec HIV1, mais vous écartez toute intervention autre que naturelle au motif que cette séquence est trop petite par rapport au génome viral et qu’elle peut s’y retrouver par hasard. Je ne suis pas d’accord. 6 résidus aminés cela représente 18 bases codantes. Le SARS-CoV-2 fait 30.000 bases. A partir de combien de bases une petite séquence ne se retrouve-t-elle pas « par hasard » dans 30.000 bases ? Il y a 1 chance sur 4 de trouver une base (A,U,C ou G) dans le génome viral. Ce qui veut dire que sur 30.000 bases on va forcément rencontrer une des 4 bases. Il y a 1 chance sur 4 x 4, soit sur 16, de trouver 2 bases qui se suivent (par exemple AU) dans le génome viral, ce qui veut dire que sur 30.000 bases on va forcément rencontrer la séquence AU. De proche en proche, il y a 4-n chance de trouver une séquence de n bases. Donc n est déterminé sur un génome de 30.000 bases par 4n = 30 .000, soit n = 7,44. Disons qu’à partir de 8 bases, on ne rencontre pas « forcément » la séquence dans une plus grande séquence de 30.000 bases. Donc, a fortiori, à partir de 9 bases et…donc de 18 bases. Donc je pense qu’il est faux de présenter que 6 résidus aminés, donc 18 bases, se rencontrent automatiquement dans une plus grande séquence de 30.000 bases. Qui plus est, comme vous devez le savoir, il semble que l’équipe indienne qui a voulu publier les occurrences de séquences HVI1 dans SARS CoV 2 en avaient dénombré non pas 1 séquence, mais bien 2 : une dans le gène gag et l’autre (tiens, est-ce un hasard ?) dans le gène env, intéressant la protéine d’enveloppe gp120, responsable de la fixation du HIV1. Cet article a été retiré pour des raisons que j’ignore (pressions, disons « politiques », ou travail mal fait, je n’en sais rien) et je n’ai pas pu le lire. Voici sa référence : BioRxiv : Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag, Prashant Pradhan, Ashutosh Kumar pandey, Akhilesh Mishra, Parul Gupta, Praveen Kumar Tripathi, Manoj Balakrishnan Menon, James Gomes, Perumal Vivekanandan, Bishwajit Kundu. 2 Je ne saisis pas le bien fondé de votre expression « virus artificiel ». Bien que la performance soit possible, il est inutile de construire « from scratch, à partir de rien » un virus. Les biologistes se posent des questions, veulent vérifier si tel virus infecte telle lignée cellulaire, s’il peut faire exprimer telle protéine… et dans ce cas-là on utilise des virus hybrides comportant un (ou plusieurs) morceau(x) de l’un dans la charpente de l’autre, chaque morceau ayant son utilité. D’ailleurs voici, un très joli papier traitant des Coronavirus hybrides : Nature Medicine : A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential fot human emergence Vineet D. Menachery, … Ralph S Baric, vol 21, dec 2015 p1508. Vous noterez d’ailleurs que le 4è auteur cité dans ce papier est celui qui est crédité dans l’article des pseudotyping de lentivirus avec la protéine S de Coronavirus pour tester l’infection de récepteurs ACE2 humains et autres qu’humains, le reste du coronavirus consistant en une charpente de base infectant les souris. Ce chercheur appartient au “Key Laboratory of Special Pathogens and Biosafety, Wuhan Institute of Virology”. Je n’en déduis rien de plus sinon que les techniques de virus hybrides mettant en jeu des coronavirus ou des lentivirus (dont HIV1) sont non seulement bien connues à Wuhan (et ailleurs, bien sûr) mais pratiquées pour le sujet qui nous intéresse, depuis au moins 2015, date de l’article. Donc je pense que vous évitez le problème : il ne s’agit pas de rechercher la possibilité d’un virus artificiel, mais bien celle d’un virus hybride, chimérique, possédant des modifications ponctuelles réalisées par la main de l’homme. Et cela c’est largement faisable dans un labo de recherche. Soyons encore prudent : cela ne veut pas dire que cela ait été forcément réalisé dans le cas qui nous occupe. Donc, il ne fallait pas mettre 2 colonnes : virus artificiel / virus naturel, sachant que cela penche évidemment vers virus naturel, mais plutôt virus modifié (chimérique, hybride…) / virus naturel, et là, c’est moins évident…. A ce titre la démonstration que vous tentez d’établir à partir des arbres phylogénétiques ne veut pas dire grand-chose en pratique. On peut fort bien partir d’un virus naturel, isolé chez la chauve-souris ou ailleurs, et réaliser sur cette base un virus chimérique comportant des séquences d’un autre virus. Vous serez d’accord que tous les virus isolés ne sont pas obligatoirement séquencés et que leur séquence n’est pas obligatoirement envoyée au NCBI, à la disposition des autres chercheurs. Donc la discussion sur la séquence inconnue jusqu’à présent de la clé, qui aurait dû être différente pour se donner le maximum de chances d’être infectante me semble tout à fait hors contexte. Dans l’hypothèse où SARS-CoV-2 est artificiel -ce que je suis bien incapable de dire à ce stade-, vous ne savez pas a priori, quel but il remplissait, à quelle question il devait répondre en étant testé. S’il infectait très efficacement des cellules de culture nécessaires à son étude dans le modèle choisi, il n’y avait nul besoin de modifier quelque chose qui fonctionnait. Globalement, je suppose que vous ne savez pas ce qui s’est passé. En tout cas, moi je ne le sais pas. Je vous avoue tout de même que quand les nouvelles sont arrivées, je me suis demandé combien il y a de marchés dans ce grand pays qu’est la Chine, de marchés où on vend des animaux à consommer que nous considérons « exotiques ». Je crois qu’il y en a aux 4 coins de la Chine. Bon, et comme par hasard, cette infection survient dans la seule ville chinoise qui comporte un P4 (corrigez-moi si je me trompe, je ne pense pas qu’il existe d’autre P4 en Chine) et un labo spécialisé dans les Coronavirus. Cela fait une drôle de coïncidence tout de même. Mais en matière de coïncidence, on a vu pire, donc je reste réservé. En tout cas, l’enquête est intéressante et je pense que nous finirons par savoir et que nous pourrions avoir des surprises, comme dans ces polars où le coupable désigné dès le début, n’est pas le bon. Enfin nous verrons et merci de nous aider à ouvrir l’œil !

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Published by micasaijen

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